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该剧以明代武林为背景，以暗器为线索，讲述了冷兵器向热兵器的过渡。
身为名门正派的仲裁堂出了两个“异类”，一个是仲裁熊云铮（栾浚威饰演），一个是仲查叶藏飞（赵鸿飞饰演），两人虽出身不同却“物以类聚”亲如兄弟，受满口宣扬武林正统的同道中人所排斥，熊云铮在五年前断一宗暗器案之后竟深深迷恋上暗器，认为暗器也应归为武林正统，直至从秘密渠道搞到火枪，痴迷于此，后被同门设计暗算死于火枪之下，叶藏飞终将凶手捉拿凶器查明，为兄弟报仇并一心想恢复武林秩序，对火器甚是排斥，但最终也无奈命丧火器之下。谁也无法阻止时代的进步，《暗器》带你见证中国兵器的进化史。